11 января 1845 года было «высочайше разрешено жене государственного преступника Трубецкого проживать с детьми в Иркутске, до излечения от болезни; мужу же по временам приезжать к ней на свидание».
Разрешение было получено стараниями матери Екатерины Александры Лаваль. Ее же хлопотами дочери Трубецких Лиза и Зина Трубецкие были зачислены в только что открывшийся Иркутский девичий институт. Начался иркутский период жизни семьи Трубецких.
Они поселились в просторном доме с прекрасным садом близ стен Знаменского монастыря. Став хозяйкой дома в Знаменском предместье, княгиня превратила его в убежище для страждущих и приют для воспитанников. О том, что дом Трубецких «набит слепыми, хромыми и всякими калеками», писал декабрист Александр Сутгоф в письме своему другу-декабристу Ивану Пущину. В доме кроме собственных детей воспитывались и дети приемные. Среди них дочери Михаила Кюхельбекера, Анна и Юстина, сын ссыльнопоселенца Кучевского, Федор, дочь бедного чиновника Неустроева, Мария, соученица дочерей Трубецких, Анна. В доме гостили товарищи по изгнанию — декабристы, бывали с выступлениями заезжие знаменитости, музыканты, певцы, художники, чиновники. Нередки были визиты и особо важных гостей, например, супруги генерал-губернатора Николая Муравьева Екатерины Николаевны.
Дом Трубецких, как и дом Волконских, играл заметную роль в культурной жизни Иркутска того времени.
«Обе хозяйки — Трубецкая и Волконская — своим умом и образованием, а Трубецкая — и своею необычайною сердечностью были как бы созданы, чтобы сплотить всех товарищей в одну дружескую колонию», — писал в своих воспоминаниях один из гостей Трубецких, воспитанник декабристов, врач Николай Белоголовый.
Силы для преодоления жизненных тягот Трубецкая находила в православной вере. Пока позволяло здоровье, княгиня принимала участие в жизни Знаменского монастыря. Отрадой для Екатерины Ивановны были беседы, а позже переписка с архиепископом Нилом Иркутским, духовная дружба с которым сложилась с первых лет пребывания в Иркутске. О своем духовном наставнике княгиня писала Елизавете Нарышкиной: «Мы живем очень уединенной жизнью, не видя почти никого, посещая лишь Институт, чтобы видеть детей. От времени до времени, когда я могу найти свободную минуту, я хожу к архиепископу, который очень добр ко мне и никогда не отказывает дать мне совет или что выговорить, зная, что я именно за этим и прихожу к нему. Я его почитаю и очень искренно люблю». В свою очередь архиепископ Нил называл Екатерину Ивановну своей второй матерью.
Христианское мировоззрение княгини не ограничивалось духовными беседами. Екатерина Ивановна занималась благотворительностью. В доме княгини почти постоянно жило до пяти воспитанников, а усадьба Трубецких всегда была полна бедняков, калек и божьих странников. Пользовались добротой хозяйки и местные крестьяне. Друг семьи Трубецких, декабрист Федор Вадковский, писал: «Большой двор, в котором толчется несметное число баб, девок, мужиков и мальчиков, которые объедают и опивают хозяев — это будет дом Трубецких и их дворня».
Неподалеку от этого дома обрела свой последний приют и сама княгиня. В последний путь княгиню провожал весь Иркутск. Речей не произносили: они были лишними, ведь добрые дела Екатерины Трубецкой говорили сами за себя. Гроб несли монахини Знаменского монастыря, у стены которого и похоронили первую декабристку.
Заушаковский дом Трубецких не сохранился, но памятным местом Иркутска стали могилы княгини и троих ее детей. И еще один дом Трубецких, по улице Арсенальской, ныне Дзержинского, стал музеем, где вот уже более полувека живет память о княгине и подвиге ее любви.